Gniazdo bociana czarnego ma ponad 1 m średnicy. Gniazda w ogromnej większości budowane są na drzewach, ale wobec braku drzew bocian czarny zakłada gniazda w trudno dostępnych miejscach na zboczach skalnych lub nadmorskich klifach. Takie miejsca często wybierają bociany czarne w Portugalii i Hiszpanii.
